Со временем могущество Византии ослабело, и в XIII в. торговля на Черном море оказалась в руках итальянских (венецианских, а затем генуэзских) купцов, которые основали в Крыму свои фактории. Торговые пути переместились в Восточный Крым, и это стало одной из причин упадка экономики Херсонеса.
Трагедию города довершили набеги кочевников, которые в конце XIII в., а затем через сто лет нанесли ему непоправимый урон. Разрушенный и сожженный Херсонес больше не смог возродиться.
К середине XV в. жизнь в нем окончательно угасла. Прошло время и земля погребла под собой руины некогда большого, прекрасного города.
Лишь 400 лет спустя, в 1827 г., офицер Черноморского флота Крузе произвел первые раскопки на месте погибшего Херсонеса. Впоследствии они проводились отдельными лицами и организациями. Наиболее систематические раскопки начались в конце 80-х годов прошлого века. Двадцать лет жизни отдал им большой энтузиаст и организатор будущего музея К. К. Косцюшко-Валюжинич.
За годы Советской власти Херсонесский историко-археологический заповедник превратился в один из крупнейших научно-исследовательских центров, стал базой, где ведут исследовательскую работу ученые-археологи всего мира и проходят практику студенты университетов. Систематические раскопки помогли восстановить историю древнего города-государства.
Музей-заповедник очень популярен, ежегодно его посещают десятки тысяч экскурсантов. Их привлекают коллекции эпиграфических памятников (в том числе всемирно известная присяга граждан Херсонеса III в. до н. э.), произведения искусства, ремесленные изделия и орудия труда, предметы быта, которыми пользовались жители Херсонеса.
В Балаклаве, которой уже 2500 лет, сохранилась генуэзская крепость. Эта укромная бухта долгое время служила убежищем пиратам.
Почти трехсотлетняя эпоха турецкого владычества (с 1475 по 1774 г.г.) была самой спокойной, но и самой застойной в истории Юго-Западного Крыма. Османская империя, распространившая свою власть на все побережье Черного и Азовского морей, избавила их от пиратства, войн и междоусобиц. Лишь изредка в море выходили чайки запорожских казаков.
Вследствие Крымской войны между Россией и Турцией 1768-1774 гг. Крым отошел России. 10 февраля 1783 г. императрицей Екатериной II был издан указ "Устроить крепость Севастополь".
В 1854 г. севернее Севастополя произошла высадка десанта войск Англии, Франции и Турции. 349-ти-дневная героическая оборона города вошла в историю как первая оборона Севастополя.
В 1921 году в очередной раз изменился правовой статус Севастополя: он был включен в состав Крымской АССР, которая тогда создавалась. Крымская автономия же, в свою очередь, вошла в состав РСФСР.
В 1941 г. севастопольцы повторили подвиг своих предшественников - 250 дней длилась оборона города.
На протяжении всей своей истории город был связан с флотом из-за своего географического положения (практически в центре Черного моря) и удобных бухт для стоянки флота (Севастопольская бухта вдается вглубь полуострова на 8 км).